船舶负责人等相关企业备案资料核查无误的，海关应当进行以下操作：

船舶负责人等相关企业备案资料核查无误的，海关应当进行以下操作：

A.在运输工具系统中进行企业备案信息录入

B.在备案表备案意见栏签注“准予备案”，在备注栏签注运输工具系统生成的“数据申报人识别号”

C.将其中一份备案表加盖海关行政印章，交还相应企业留存，并将另一份备案表及相关资料存档

D.相关企业备案资料核查未通过的，海关不予受理备案申请，并告知企业相关原因

正确答案是ABCD